En 1968, un grupo internacional de instituciones oceanográficas y la Fundación de Ciencia Natural de Estados Unidos creó el programa de perforación del océano, cuyo objetivo principal era probar la hipótesis de las placas tectónicas de Tuzo Wilson.

Durante 25 años, el Programa de Perforación del Profundo Mar (o DSDP, Deep Sea Drilling Project) utilizó el Glomar Challenger, un barco de investigación de 122 metros de eslora que estaba equipado con una torre de perforación y laboratorios científicos.

Desde esta torre, que se elevaba 60 metros sobre la línea de flotación, una serie de tubos descendían a través del agua hasta unos 600 metros de profundidad dentro del océano. Al final de estos tubos había un perforador que se introducía dentro del suelo marino. El sistema permitía recoger unos cilindros largos y finos (metros de longitud y centímetros de ancho) de sedimento y roca de debajo del fondo marino. Estos cilindros demostraron la teoría de la expansión del fondo marino y de las placas tectónicas pero además revelaron más cosas: las enormes secciones de sedimentos que se acumulaban capa sobre capa en el fondo marino eran una auténtica fotografía de cómo el clima de la tierra había cambiado durante su historia.

Los sedimentos del fondo marino y las rocas contenían también un montón de pistas importantes sobre la estructura y la evolución de la tierra. La mayoría de estas pistas no podían encontrarse en las rocas al aire libre, porque se han erosionado. Bajo el suelo marino, sin embargo, se conservaban muy bien.

Después de un año de perforaciones el Glomar Challenger estableció un récord que hace honor a la nave histórica, a la que debe su nombre. Recolectó casi 5 000 metros longitudinales de muestras del fondo oceánico, a una profundidad de 6 000 metros logrando que el perforador penetrara hasta 1 000 metros en la corteza terrestre.

El proyecto DSDP tuvo tanto éxito que en 1985 se creó un nuevo programa internacional, el Programa de Perforación del Océano (ODP). La perforación del suelo marino continúa hoy en día con un barco mucho más grande y más avanzado tecnológicamente, el JOIDES Resolution.

El JOIDES es un barco de 143 metros de eslora que puede perforar dentro del suelo marino hasta una profundidad de 8,234 metros. Puede descolgar más de 9100 metros de tubo de perforación a través del agujero que se encuentra en el centro del barco. Además, tiene 10 laboratorios donde los científicos pueden analizar las muestras durante los dos meses que dura cada exploración.

En los barcos de perforación, las muestras de sedimentos y roca se izan en secciones de tubo de 9.5 metros. Una vez en la cubierta se parten en dos. Una primera mitad se utiliza para ser estudiada en los laboratorios del barco. La otra se almacena en contenedores especiales que se denominan bibliotecas de muestras.